この駅の南北に踏切があり、それらの踏切はラッシュ時には最大40分間も遮断機が上がらない「開かずの踏切」と呼ばれている。また、待ちきれなくなった通行人が遮断機を越えて渡ろうとし事故になる回数も多い。2004年に阪和線美章園駅 – 我孫子町駅間の上り線（天王寺方面）が、2006年には下り線も同区間で高架化されたが、着工当時は関西本線貨物支線（阪和貨物線）に列車が走っていたため、杉本町駅の高架化は見送られた。

前述の通り、この駅の改札口は西側にしかなく、大阪市立大学など駅の東側に行くには前述の踏切を渡らなければならなかった。停留場としての開業当時は東側（大阪市立大学がある側）に改札口が設けられたが、第二次世界大戦後にGHQが大阪市立大学を全面接収すると、セキュリティ上の理由から現在の位置に改札口が移設された。MBS『VOICE』の「憤懣本舗」ではGHQの時代で話が終わっているが、昭和30年頃に国鉄が改めて東側に改札を開設しようとしたところ、今度は西側出口周辺の商店街店主を中心とした反対活動が起こり、国鉄側も設置に消極的な状況が続いていた。

2008年7月「JR杉本町駅東口設置推進の会」が大阪市立大学の教員有志や地域自治会の賛同者などで設立され、以後活発な東口設置運動が展開された。数度にわたるシンポジュウムで理解を深め賛同者を増やし、バリアフリー法による住民提案を行ったが大阪市の受け入れるところとならず、推進の会を中心とする東口設置に関する協議会が作られ、地域住民も一体になって1万3千名にもの署名を集めるなど、危険な踏切を渡らずに駅東側への安全な東口設置への促進が強力に行われ、2011年6月に東口改札の工事が着工された（着工当時はJR西日本と大阪市は2012年度7月30日を完工予定と発表していた）。

その後、当初発表されていた予定よりも大幅に前倒しされ、2012年3月11日（既存西口のバリアフリー化「エレベータ新設・階段昇降機新設 等」と合わせて）供用が開始された。

この東口開設に伴い、大阪市立大学は「北西門」を新設した（北西門は学生・教職員からの名称募集を行い、のちに「杉本門」と決定される）。また大阪市建設局は東口から杉本町駅南踏切東側（大阪市立大学本館地区側）へのアクセスを改善するため、駅東側に「歩行者用南北通路（住吉区第2564号線）」を着工し、2012年12月19日に開通した。

 

 

駅周辺